Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Agave sisalana, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 42.200 para 21.362 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


Nenhum outlier detectado.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 16


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 21361
## Genes agrupados em módulos: 16353
## Genes não agrupados: 5008

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.